檢疫證書是對動、植物及其產品檢疫或處理的結果所出具的證明文件。檢疫證書的格式，有適用于一般進口的或出口的，還有適應對外貿易需要的如熏蒸證書，動物預防接種證書和其他名稱的證書等。檢疫證書由動植物檢疫機構簽發。我國動植物檢疫所簽發的動植物檢疫證書，因適用范圍不同，具體分為以下六種：(1)動物檢疫證書：出口動物時簽發。(2)動物檢疫證書：進口動物及其產品經檢疫發現檢疫對象時簽發。供進口單位作對外索賠依據。(3)植物檢疫證書：出口植物及其產品時簽發。(4)植物檢疫證書：進口植物及其產品經檢疫發現檢疫對象時簽發。供進口單位作對外索賠依據。(5)檢疫證書：進口植物及其產品不符合貿易合同規定時簽發。供進口單位作對外索賠依據。(6)檢驗證書：空白證書，供機動用、加用或作船舶熏蒸證書用。上述證書簽發的份數，規定每批發正本一份，副本則根據報驗人的需要填發，一般不超過五份，出口植物檢疫證書的有效期，目前掌握為20天。