地質構造主要包括斷裂和褶皺，對地下水循環運動的途徑和方向起著重要的控制作用，因而對巖溶發育產生重要影響。

因巖層褶皺，伴生和派生的裂隙系統一方面為地下水的活動提供了通路;另一方面，因褶曲變形的隔水層又限制著地下水的循環補排，所以巖溶發育也具有不同的特點。當向斜褶皺的核部形成承壓水時，一般情況下，巖溶發育可能相對均一。但是，如果有顯著的張裂帶產生，也可能發育橫穿向斜的倒虹吸狀的巖溶管道。在背斜褶皺中，沿背斜軸部上層的縱張和橫張裂隙，也可能發育巖溶管道。

溶洞通道網絡的組合格式與溶洞區碳酸鹽巖的主導裂隙方向相當一致。一般認為，壓性或壓扭性裂隙透水性弱，構造巖也比較密實，常形成阻水帶，但斷層兩盤的碎裂巖帶，由于巖體破碎松弛，又常成為地下水的活動帶。除此之外，層面和裂隙對巖溶發育有重要作用。特別是不純碳酸鹽巖或碳酸巖與非可溶巖間互層組合中，溶洞和巖溶管道沿層面和層間裂隙發育的現象十分普遍。很多落水洞或溶洞就是沿層間裂隙和切層裂隙相連接的部位發育的，一些巖溶管道常呈階梯狀向地下延伸，或者曲折前進，通向巖溶水的排泄區。